El glutaraldehído es un potente bactericida y en su forma alcalina, en forma diluida mezclada con agua en concentraciones del 0.1% al 1.0%, se usa como desinfectante en frío de equipo médico y científico que es sensible al calor, incluyendo los instrumentos de diálisis y de cirugía, los frascos de succión, broncoscopias, endoscopias, y el instrumental de oído, nariz, y garganta.

También se usa como un agente fijador de tejidos en los laboratorios de histología y patología, como un agente de endurecimiento en el revelado de los rayos X, en el tratamiento del agua, y como preservante químico.

En la industria del cuero se usa como agente curtidor y es un componente de líquidos de embalsamamiento. 

Precauciones

	Peligroso para la Salud		Venenoso
	Tóxico para el Ambiente		Corrosivo

Se trata de un producto que, por contacto directo o exposición a sus vapores, puede ocasionar sensibilización e irritación de la piel y las mucosas. Se han informado varios casos de colitis por glutaraldehído en la literatura mundial después de la realización de colonoscopias, probablemente causados por restos de glutaraldehído en los endoscopios.​ Es agente causal de enfermedad ocupacional entre los trabajadores sanitarios, particularmente de dermatitis, alergia respiratoria y asma.​​